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氣相色譜不適用于不蒸發(fā)物質(zhì)和對熱不穩(wěn)定物質(zhì)，而液相色譜卻不受樣品的蒸發(fā)性和熱穩(wěn)定性的約束。有些樣品因為難以汽化而不能通過柱子，熱不穩(wěn)定的物質(zhì)受熱會產(chǎn)生分解，也不適用于氣相色譜法。這使氣相色譜法的運用范圍受到了約束。

關(guān)于很難別離的樣品，用液相色譜常比用氣相色譜簡單完結(jié)別離，主要有以下三個方面的原因：液相色譜中，因為流動相也影響別離過程，這就對別離的操控和改善供給了額定的因素。而氣相色譜中的載氣一般不影響分配，也就是說，在液相色譜中，有兩個相與樣品分子產(chǎn)生選擇性的相互作用。

液相色譜中具有獨能的柱填料（固定相）的品種較多，這樣就使固定相的選擇余地更大，然后增加了別離的可能性。

液相色譜運用較低的別離溫度，分子間的相互作用在低溫時更為有用，因而降低溫度一般會進步色譜別離功率。

和氣相色譜儀比較，液相色譜對樣品的收回比較簡單，并且是定量的，樣品的各個組分很簡單被別離出來。因而，在很多場合，液相色譜不僅作為一種分析辦法，并且能夠作為一種別離手法，用以提純和制備具有中等純度的單一物質(zhì)。在氣相色譜中所別離出的各樣品組分雖也能夠收回，但一般都不太便利，并且定量性差。液相色譜法因為具有這些氣相色譜法不具備的長處，因而在許多領(lǐng)域得到廣泛的應用。